La Roche-sur-Yon Agglomération compte 10 commissions. Elles sont composées de conseillers municipaux désignés par leur commune. Chaque commission a un président et un vice-président élus par le Conseil d'Agglomération.
Les commissions sont force de proposition pour la réalisation du projet de territoire. Elles proposent des orientations et préparent les décisions du Bureau et du Conseil.

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