La Communauté d’Agglomération dispose de 27 stations d’épuration sur tout le territoire. Compétence intercommunale depuis le 1^er janvier 2010, l’Agglomération a inauguré en 2010 l’ouvrage de Landeronde certifié ISO 14001. D'autres stations ont été mises en service plus récemment comme Venansault, Les Clouzeaux, Dompierre-sur-Yon et La Chaize-le-Vicomte.