La Communauté d'Agglomération détient la compétence en matière d’assainissement non collectif. Le Service  Public d’Assainissement Non Collectif (SPANC) effectue les contrôles des nouveaux dispositifs et depuis 2006, le contrôle des assainissements sur les installations neuves. L'objectif étant de vérifier la conception et la bonne éxécution des travaux.

Diagnostic obligatoire en cas de vente

Depuis le 1er janvier dernier, il est désormais obligatoire de faire contrôler son assainissement, en cas de vente. Ainsi chaque propriétaire souhaitant vendre son bien doit faire effectuer un diagnostic de son assainissement s'il n'a pas été contrôlée dans les 3 dernières années. cette prestation est effectuée par le SPANC de La Roche-sur-Yon Agglomération et est facturée 95 €. Pour les habitations qui auraient été diagnostiquées dans les 3 dernières années, le SPANC transmettra le document élaboré lors du contrôle, sur simple demande.
Renseignements : Service Public d'Assainissement Non Collectif - 02 51 05 57 79

La Roche-sur-Yon Agglomération participe via un contrat signé avec l’Agence de l’Eau, le Conseil Général et l’Etat, aux actions mise en place pour préserver la qualité de l’eau sur le bassin versant de Moulin Papon. Dans ce cadre, la Communauté assure régulièrement le suivi de la qualité de l'eau et pratique des opérations de sensibilisation auprès des scolaires.

La Communauté d’Agglomération dispose de 27 stations d’épuration sur tout le territoire. Compétence intercommunale depuis le 1^er janvier 2010, l’Agglomération a inauguré en 2010 l’ouvrage de Landeronde certifié ISO 14001. D'autres stations ont été mises en service plus récemment comme Venansault, Les Clouzeaux, Dompierre-sur-Yon et La Chaize-le-Vicomte.